El economista Mejía dirige el centro de investigación Fedesarrollo desde 2018, tras un breve paso al frente del Fondo de Garantías de Instituciones Financieras (Fogafín) ese mismo año. En ese entonces venía de encabezar el Departamento Nacional de Planeación (DNP) en el gobierno de Juan Manuel Santos (2017-2018), donde también había sido subdirector (2014-2017).

A esta entidad llegó luego de dos años como director de política macroeconómica del Ministerio de Hacienda, primero y de forma breve con Juan Carlos Echeverry y luego bajo el mando de Mauricio Cárdenas. Su carrera previa se desarrolló como investigador del Banco de la República (1999-2000 y 2009-2012). En 2001 se fue para el Banco Interamericano de Desarrollo y luego, mientras adelantaba estudios de doctorado en la Universidad de Chicago, fue profesor asistente de Thomas Sargent, ganador del Nobel de Economía en 2011.