En 2015, Amaya fue electa gobernadora del Meta para el periodo 2016-2019 con los avales de los partidos Liberal y alianza Verde. De 2010 a 2014 fue representante a la Cámara por ese departamento, pero en ese entonces militaba en La U. Para saltar al Congreso renunció a la Asamblea, donde ejercía como diputada desde 2008.